Действие Port Royale 3 развернется на Карибских островах в XVII веке, во время борьбы Англии, Испании, Франции и Голландии за господство в Карибском бассейне. Игрок будет молодым капитаном, пытающийся сколотить состояние и приобрести репутацию в Новом Свете. Для достижения своих целей будет предложено два пути: авантюрист-пират или торговец.