Действия Tom Clancy's Splinter Cell Blacklist развиваются спустя шесть месяцев после событий, рассказанных в Conviction. К этому времени «Третий эшелон» был расформирован.Новой угрозой выступает террористическая организация из Ближней Азии, которая грозит США серией терактов, если правительство не прекратит свою интервенцию в их страны. Высказанные угрозы были составлены в так называемый «черный список» – если требования террористов не будут удовлетворены, они начнут последовательно их исполнять.