Sonic the Hedgehog 4: Episode II является продолжением Sonic the Hedgehog 4: Episode I, действия которого развернутся после событий первой части. Сонику и Тейлзу предстоит объединиться в борьбе против вернувшегося Метал Соника и коварного Доктора Эгманна, которые заключили между собой союз, и разрушить их дьявольские планы...