Игроку придется побывать в шкуре Агента-2 из организации Office of Secret Actions (OSA) по имени Уильям «Би-Джей» Блазкович, который был главным героем Wolfenstein 3D. Он был схвачен и вместе с Агентом-1 отправлен в тюрьму в замке Вольфенштейн, где Агент-1 умирает под пытками. Сумев сбежать и перебив основную массу охраны замка, Блацкович покидает его по канатной дороге и встречается с бойцом группы Сопротивления «Крайзо» Кесслером. Раненный в перестрелке, Кесслер не может последовать за героем, однако даёт ему задание — добыть дневник профессора Земпфа, проводящего под руководством офицера Паранормальной дивизии СС Хельги фон Булоу раскопки в старом склепе.
